La Secretaría General Ejecutiva (SGE) es la instancia operativa de la ANUIES y está representada por el Secretario General Ejecutivo, quien además de fungir como el responsable legal de la Asociación, también tiene las facultades de organizar la dependencia y ejecutar los acuerdos de la Asamblea General, del Consejo Nacional y de los Consejos Especiales.
A través de sus unidades, la SGE ofrece, entre otros, los siguientes servicios a las instituciones afiliadas:
- Gestoría y representación ante instancias gubernamentales y no gubernamentales.
- Asesoría y apoyo para el fortalecimiento de las funciones sustantivas y adjetivas de las instituciones afiliadas.
- Apoyos y asesoría técnica en aspectos académicos y administrativos.
- Información estadística y documental sobre educación superior.
- Organización y apoyo para la realización de estudios e investigaciones sobre problemas académicos y administrativos de la educación superior.
- Capacitación y actualización del personal en los ámbitos relacionados con la educación superior y la gestión académica y administrativa.
Asamblea General
La Asamblea General es el órgano colegiado supremo de gobierno de la ANUIES y está conformada por los titulares de las 216 instituciones asociadas, de las cuales 74 son Universidades Públicas, 33 Instituciones Particulares, 79 Institutos Tecnológicos estatales y federales, 17 Centros Públicos de Investigación CONACyT y 13 Instituciones Afines.
CUPIA
El Consejo de Universidades Públicas e Instituciones Afines (CUPIA) es el órgano colegiado de la ANUIES encargado de coordinar el trabajo de las instituciones públicas asociadas.
Consejo Nacional
El Consejo Nacional es el órgano colegiado de dirección y articulación de la ANUIES y está integrado por: los presidentes de los Consejos Regionales, dos representantes del CUPIA, dos representantes del CUPRIA, dos representantes de Institutos Tecnológicos, un representante de Centros de Investigación, los titulares de la UNAM e IPN y el Secretario General Ejecutivo de la Asociación.
CITIA
El Consejo de Institutos Tecnológicos e Instituciones Afines (CITIA) es el órgano colegiado de la ANUIES encargado de coordinar el trabajo de las instituciones tecnológicas y afines asociadas.
CUPRIA
El Consejo de Universidades Particulares e Instituciones Afines (CUPRIA) es el órgano colegiado de la ANUIES encargado de coordinar el trabajo de las instituciones particulares asociadas.