La Asamblea General es el órgano colegiado supremo de gobierno de la ANUIES y está conformada por los titulares de las 195 instituciones asociadas, de las cuales 66 son Universidades Públicas, 29 Instituciones Particulares, 74 a Institutos Tecnológicos estatales y federales, 16 a Centros Públicos de Investigación CONACyT y 10 Instituciones Afines.