El Consejo Nacional es el órgano colegiado de dirección y articulación de la ANUIES y está integrado por: los presidentes de los Consejos Regionales, dos representantes del CUPIA, dos representantes del CUPRIA, dos representantes de Institutos Tecnológicos, un representante de Centros de Investigación, los titulares de la UNAM e IPN y el Secretario General Ejecutivo de la Asociación.

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